Με καταμετρημένο το 20%, υπέρ της συμφωνίας ψήφισε το 90,89% (110.507 ψήφοι) ενώ εναντίον της το 6,14%. (7.643 ψήφοι).
Η αποχή, ωστόσο, ήταν ο μεγάλος νικητής της αναμέτρησης, αφού η προσέλευση άγγιξε το 35%, πολύ κάτω από το όριο του 50% + μία ψήφο που απαιτεί το Σύνταγμα για να είναι δεσμευτικό το δημοψήφισμα.
Ο Ζόραν Ζάεφ εμφανίστηκε αποφασισμένος να μην οδηγήσει την ΠΓΔΜ σε πρόωρες εκλογές, στις πρώτες δηλώσεις του αφότου έκλεισαν οι κάλπες παρά τη χαμηλή προσέλευση στις κάλπες.
Ο Ζάεφ σε δηλώσεις του είπε ότι αν επιβεβαιωθεί ότι η πλειοψηφία των ψηφισάντων στήριξε τη Συμφωνία, τότε θα πρέπει να σεβαστεί τη βούλησή της η αντιπολίτευση και να στηρίξει τις συνταγματικές αλλαγές στη Βουλή για την υιοθέτηση του νέου ονόματος. «Αν όχι, δεν υπάρχει εναλλακτική. Θα χρειαστεί να χρησιμοποιήσουμε το άλλο δημοκρατικό εργαλείο που έχουμε στη διάθεσή μας κι αυτό σημαίνει πρόωρες γενικές εκλογές αμέσως. Η “Μακεδονία” θα γίνει μέλος της ΕΕ και του ΝΑΤΟ!», είπε.
Πράγμα που σημαίνει ότι ο σοσιαλδημοκράτης πρωθυπουργός πετάει το μπαλάκι στην αντιπολίτευση επιδιώκοντας να περάσει τη Συμφωνία των Πρεσπών από τη Βουλή, όπου θα κληθεί να δώσει μια δύσκολη πολιτική μάχη προκειμένου να εξασφαλίσει την πλειοψηφία των δύο τρίτων που απαιτείται για την αναθεώρηση του Συντάγματος.
Τον περασμένο Ιούνιο η συμφωνία κυρώθηκε από 69 βουλευτές επί συνόλου 120, πράγμα που σημαίνει ότι η κυβέρνηση θα πρέπει να πετύχει στήριξη από άλλους 11 βουλευτές, δηλαδή να εξασφαλίσει ψήφους και από την αντιπολίτευση. Αν οι βουλευτές του VMRO στηλώσουν τα πόδια, τότε η ΠΓΔΜ θα οδηγηθεί τάχιστα στις κάλπες.
Μισή ώρα πριν κλείσουν οι κάλπες η συμμετοχή έφθασε στο 34.09%, δηλαδή οι ψηφίσαντες έφθασαν περίπου τους 589.000 σύμφωνα με τα επίσημα στοιχεία, μακριά από το στόχο του 50% που είχε θέσει η κυβέρνηση του σοσιαλδημοκράτη πρωθυπουργού.
Το Σύνταγμα της ΠΓΔΜ απαιτεί μίνιμουμ συμμετοχής 50% για να καταστεί το δημοψήφισμα δεσμευτικό.
Το ερώτημα στο οποίο κλήθηκαν να απαντήσουν οι ψηφοφόροι ήταν: «Είστε υπέρ της ένταξης της χώρας στην ΕΕ και στο ΝΑΤΟ, αποδεχόμενοι τη συμφωνία μεταξύ της Δημοκρατίας της Μακεδονίας και της Ελλάδας;».